Le diagnostic clinique constitue la méthode traditionnelle d'identification des MST lorsqu'on n'a pas accès à des examens de laboratoire. Il se fait à partir du jugement clinique du prestataire qui évalue les symptômes d'une personne, les signes indicatifs et ses antécédents médicaux. Le jugement clinique se fonde sur l'expérience personnelle et le niveau de connaissances, ce qui peut varier considérablement d'un prestataire à l'autre. C'est l'approche la moins fiable.
Normalement, le prestataire tente d'identifier et de traiter une seule MST. Toutefois, dans de nombreux cas, même un prestataire expérimenté ne peut pas différencier les diverses infections les unes des autres sur la seule base de son expérience clinique. Il risque donc de mal diagnostiquer l'infection. De surcroît, un client peut avoir plus d'une infection, et il n'est alors pas suffisant de diagnostiquer une seule maladie, même si le diagnostic est exact. Par exemple, lorsqu'il constate la présence d'ulcérations génitales chez une femme, un prestataire peut diagnostiquer la syphilis ou le chancre mou. Or la femme pourrait être atteinte de ces deux infections. Le traitement ne serait ni complet ni efficace si elle était traitée pour l'une d'elles seulement.
Lorsqu'il n'est pas sûr de son diagnostic, un clinicien expérimenté pourrait se rendre compte qu'il ne suffit pas de traiter une seule infection et il pourrait décider d'en traiter plus d'une.
Comme cette approche se fonde sur la présence de symptômes et de signes d'infection, elle ne peut pas être utilisée chez les personnes asymptômatiques.
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