Pour prendre en charge les MST, les prestataires doivent pouvoir compter sur un stock de médicaments efficaces.
Plusieurs facteurs peuvent limiter la disponibilité des médicaments. Les médicaments utilisés dans le traitement des MST peuvent coûter cher. Dans certains cas, l'accès à ces produits se trouve limité par les politiques nationales relatives à l'usage des médicaments ou par les systèmes de commande et de distribution. Lorsque les quantités de médicaments sont limitées, il arrive que certains produits capables de traiter les MST soient réservés au traitement d'autres états pathologiques.
Pour gérer convenablement les quantités disponibles de médicaments, les programmes doivent tenir compte de la prévalence locale des MST, de la disponibilité des produits et de l'efficacité des médicaments peu coûteux contre les micro-organismes présents dans la région.
Il est essentiel que les médicaments utilisés pour traiter les MST et les infections liées au sida soient stockés dans de bonnes conditions. Ce sont principalement des antibiotiques, qui risquent de perdre de leur efficacité s'ils ne sont pas protégés contre la lumière, l'humidité ou la chaleur excessives. Il ne faut jamais utiliser de médicaments dont la date de validité a expiré. Il ne faut pas non plus augmenter la posologie de ces médicaments pour compenser la diminution de leur efficacité à cause du risque grave de surdose et de toxicité. Les aires de stockage doivent être protégées contre tout accès non autorisé.
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