La prise en charge syndromique présente aussi des inconvénients.
Le personnel doit être formé à l'utilisation globale de cette approche aussi bien qu'à l'utilisation précise des algorithmes. Pour bien appliquer un traitement, les prestataires doivent suivre les algorithmes à la lettre, ce qui nécessite l'encadrement du personnel.
Cette approche entraîne normalement un phénomène de surtraitement, puisque les clients sont généralement traités pour toutes les causes possibles d'un syndrome. Par conséquent, les clients qui ont une seule infection risquent de se faire traiter pour de multiples maladies. Il faut plus de médicaments pour traiter de multiples infections que pour en soigner une seule. La quantité supplémentaire de médicaments qu'il faut stocker peut coûter cher et grever les stocks d'un pays ou d'un district donné.
Toutefois, des experts font remarquer que, dans le cas des MST, il vaut peut-être mieux traiter trop que pas assez. En effet, une infection non traitée peut entraîner de graves complications, dont le traitement coûtera cher, et qui contribueront à la propagation de la maladie. C'est particulièrement vrai dans les régions où le taux de prévalence de certaines MST, VIH y compris, est élevé.
Un autre inconvénient de cette approche tient au fait qu'on risque de contacter inutilement les partenaires des clients. Dans le cas de la plupart des syndromes, on conseille aux patients qui se font traitées pour une MST de notifier leurs partenaires parce qu'ils pourraient eux aussi être infectés. Or les pertes vaginales peuvent être dues à une infection sans rapport avec un contact sexuel. La femme avertirait donc son partenaire, à tort, qu'il pourrait avoir une MST. Comme la présence d'une MST peut faire planer le doute de l'infidélité, toute notification inutile peut compromettre la relation de couple et même exposer la femme à des actes de violence.
Enfin, cette approche donne des résultats inégaux selon les syndromes. Certains algorithmes utilisés pour traiter les divers syndromes sont moins fiables que d'autres.
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